Bus yang digunakan sebagai bus Transjakarta adalah bus Mercedes-Benz dan Hino. Warna bus adalah merah dan kuning disertai dengan gambar elang bondol dan salak di bagian eksterior. Bahan bakar yang digunakan adalah bio solar. Untuk Koridor 2 (warna bus biru dan putih) dan 3 (warna bus kuning dan merah), bus-bus yang digunakan adalah bus Daewoo berbahan bakar gas yang didatangkan dari Korea Selatan.

Bus-bus ini dibangun dengan menggunakan bahan-bahan pilihan. Untuk interior langit-langit bus, menggunakan bahan yang tahan api sehingga jika terjadi percikan api tidak akan menjalar. Untuk kerangkanya, menggunakan Galvanil, suatu jenis logam campuran seng dan besi yang kokoh dan tahan karat.

Bus Transjakarta memiliki pintu yang terletak lebih tinggi dibanding bus lain sehingga hanya dapat dinaiki dari halte khusus busway (juga dikenal dengan sebutan shelter). Pintu tersebut terletak di bagian tengah kanan dan kiri.

Pintu bus menggunakan sistem lipat otomatis yang dapat dikendalikan dari konsol yang ada di panel pengemudi. Untuk bus koridor 2 dan 3, mekanisme pembukaan pintu telah diubah menjadi sistem geser untuk lebih mengakomodasi padatnya penumpang pada jam-jam tertentu, di dekat kursi-kursi penumpang yang bagian belakangnya merupakan jalur pergeseran pintu, dipasang pengaman yang terbuat dari gelas akrilik untuk menghindari terbenturnya bagian tubuh penumpang oleh pintu yang bergeser.

Setiap bus dilengkapi dengan papan pengumuman elektronik dan pengeras suara yang memberitahukan halte yang akan segera dilalui kepada para penumpang dalam 2 bahasa, yaitu bahasa Indonesia dan bahasa Inggris. Setiap bus juga dilengkapi dengan sarana komunikasi radio panggil yang memungkinkan pengemudi untuk memberikan dan mendapatkan informasi terkini mengenai kemacetan, kecelakaan, barang penumpang yang tertinggal, dan lain-lain.

Untuk keselamatan penumpang disediakan 8 buah palu pemecah kaca yang terpasang di beberapa bingkai jendela dan 3 buah pintu darurat yang bisa dibuka secara manual untuk keperluan evakuasi cepat dalam keadaan darurat, serta dua tabung pemadam api di depan dan di belakang.

Untuk menjaga agar udara tetap segar, terutama pada jam-jam sibuk, mulai bulan Januari 2005 secara bertahap di setiap bus telah di pasang alat pengharum ruangan otomatis, yang secara berkala akan melakukan penyemportan parfum.

Koridor 1 (2004)
Jalur Transjakarta (kanan) merupakan jalur khusus yang tidak boleh dilewati kendaraan lainnya.

Bus Transjakarta (Tije) memulai operasinya pada 15 Januari 2004 dengan tujuan memberikan jasa angkutan yang lebih cepat, nyaman, namun terjangkau bagi warga Jakarta. Untuk mencapai hal tersebut, bus Tije diberikan lajur khusus di jalan-jalan yang menjadi bagian dari rutenya dan lajur tersebut tidak boleh dilewati kendaraan lainnya (termasuk bus umum selain Transjakarta). Agar terjangkau oleh masyarakat, maka harga tiket disubsidi oleh pemerintah daerah.

Pada saat awal beroperasi, Tranjakarta mengalami banyak masalah, salah satunya adalah ketika atap salah satu busnya menghantam terowongan rel kereta api. Selain itu, banyak dari bus-bus tersebut yang mengalami kerusakan, baik pintu, tombol pemberitahuan lokasi halte, hingga lampu yang lepas.

Selama dua minggu pertama, dari 15 Januari 2004 hingga 30 Januari 2004, bus Tije memberikan pelayanan secara gratis. Kesempatan itu digunakan untuk sosialisasi, di mana warga Jakarta untuk pertama kalinya mengenal sistem transportasi yang baru. Lalu, mulai 1 Februari 2005, bus Tije mulai beroperasi secara komersil.
Beberapa bus Transjakarta di Jalan Sudirman.

Sejak Hari Kartini pada 21 April 2005, Transjakarta memiliki supir perempuan sebagai wujud emansipasi wanita. Pengelola menargetkan bahwa nanti jumlah pengemudi wanita mencapai 30% dari keseluruhan jumlah pengemudi. Sampai dengan bulan Mei 2006, sudah ada lebih dari 50 orang pengemudi wanita.

Koridor 2 dan 3 (2006)

Tepat 2 tahun setelah pertama kali dioperasikan, pada 15 Januari 2006 Transjakarta meluncurkan jalur koridor 2 (Pulo Gadung - Harmoni) dan 3 (Kalideres - Pasar Baru). Mulai hari minggu, tanggal 10 Februari 2008, beberapa bus Transjakarta koridor 3 mulai melalui rutenya yang baru, yaitu dari arah Kalideres setelah halte Jelambar tetap lurus melewati Jalan Kyai Tapa menuju Halte Harmoni Central Busway tidak berbelok melalui Tomang. Penggunaan jalur ini masih belum resmi karena sebagian besar bus koridor 3 masih melaui jalur Tomang, dan 2 halte busway sepanjang Jalan Kyai Tapa belum beroperasi. Sejak tanggal 10 September 2008, 2 halte tersebut (Grogol dan Sumber Waras) mulai dioperasikan secara resmi.

Koridor 4, 5, 6, dan 7 (2007)

Pada tahun 2006, dimulai pembangunan 4 koridor baru Busway, yaitu:

* Pulo Gadung - Dukuh Atas (Koridor 4)
* Kampung Melayu - Ancol (Koridor 5)
* Ragunan - Latuharhari (Koridor 6)
* Kampung Rambutan - Kampung Melayu (Koridor 7)

Sama seperti pada pembangunan koridor-koridor sebelumnya, proyek pembangunan 4 koridor ini juga mengundang reaksi negatif beberapa pihak terutama karena kemacetan parah yang disebabkannya.

Koridor 4-7 ini diresmikan penggunaannya pada Sabtu, 27 Januari 2007, oleh Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso di shelter Taman Impian Jaya Ancol. Setelah peresmiannya, keempat koridor ini baru efektif beroperasi pada tanggal 28 Januari 2007. Tidak seperti pada waktu peresmian koridor 1, tidak ada tiket gratis untuk masyarakat untuk sosialisasi di koridor-koridor ini.

Koridor 8, 9, dan 10 (2008)
Rencana jalur Transjakarta

Pembangunan koridor 8-10 dimulai pada bulan Agustus 2007.[1] Ketiga koridor ini awalnya direncanakan untuk dapat beroperasi bulan Maret 2008, namun mengalami beberapa penundaan.

Rencana operasional koridor 8 awalnya ditunda hingga 14 Februari 2009[2], namun akhirnya mengalami penundaan lagi. Koridor ini pertama kali diujicoba secara terbatas pada tanggal 9 Februari 2009,[3] dan memasuki tahap operasional pada hari Sabtu, 21 Februari 2009.[4] Dari 45 bus yang dibutuhkan untuk melayani koridor 8, hingga tanggal 6 Februari 2009 baru tersedia 20 bus, yang memaksa BLUTJ untuk memangkas rute operasional dari Lebak Bulus - Harmoni menjadi Lebak Bulus - Daan Mogot (Halte Jelambar, walau sebagian sumber menginformasikan Halte Indosiar).[2]

Pada hari pertama operasionalnya, koridor 8 direncanakan beroperasi pada periode 13.00-22.00 WIB[4]

Ketiga koridor ini melayani rute:

* Lebak Bulus - Harmoni (Koridor 8), dengan panjang 26 km.

Rute melalui Jalan Ciputat Raya, Metro Pondok Indah, Teuku Nyak Arif, Letjen Soepomo, Panjang, Daan Mogot, Raya Tomang, Gajah Mada/Hayam Wuruk.

* Pinang Ranti - Pluit (Koridor 9), dengan panjang 29,9 km.

Rute melalui Jalan Pondok Gede Raya, Raya Bogor, Mayjen Sutoyo, MT Haryono, Gatot Subroto, S Parman, Latumeten, Jembatan Dua, Jembatan Tiga, Pluit.

* Cililitan - Tanjung Priok (Koridor 10), dengan panjang 19 km.

Rute melalui Jalan Mayjen Sutoyo, DI Panjaitan, Jend Ahmad Yani, Yos Sudarso, Enggano.

Ujicoba Rute Baru

Dalam usahanya meningkatkan layanan Transjakarta, Badan Layanan Umum (BLU) Transjakarta sejak tanggal 1 November 2007 mulai melaksanakan uji coba beberapa rute baru.

* Rute Blok M - Senen, pada bus disebut sebagai Koridor 1A. Jalur yang dilalui dari Blok M melewati Jl Sisingamangaraja, Jl Sudirman, Jl MH Thamrin, Monas lalu memutari Halte Monas menuju Halte Balaikota, Gambir II, Kwitang, dan membelok ke halte Atrium Senen. Sedangkan dari arah Atrium Senen, bus akan melewati halte RSPAD Gatot Soebroto, Deplu, Gambir I, Istiqlal, Juanda, Pecenongan, Monas, ke BI, Jl Thamrin, Jl. Sudirman, Jl Sisingamangaraja dan masuk terminal Blok M.[5]
* Rute Rawa Buaya - ASMI. Melalui halte ASMI, Pedongkelan, Cempaka Timur, RS Islam, Cempaka Tengah, Pasar Cempaka Putih, Rawa Selatan, Galur, Senen, Atrium Senen, RSPAD, Deplu, Gambir 1, Istiqlal, Juanda, Pecenongan, Jelambar, Indosiar, Taman Kota, Jembatan Gantung, Dispenda/Dipenda, Jembatan Baru, Rawa Buaya. Rute Blok M - Senen mengambil 10 unit bus dari Koridor 1. Rute ini menggunakan 15 armada dari Koridor 3.[6]
* Rute Pulo Gadung - Kaliders, menggabungkan koridor 2 dan 3.
* Rute PGC - Atrium (Senen), merupakan rute khusus yang dibuka hanya pada hari Senin - Jumat, beberapa sumber menyatakan bahwa hal ini disebabkan rendahnya mobilitas pengguna TransJakarta ke Ancol selama hari kerja.
* Rute PGC - Ancol, merupakan rute khusus yang dibuka hanya pada hari Sabtu dan Minggu, sebagai pengganti rute PGC - Atrium. Beberapa sumber menyatakan bahwa hal ini disebabkan tingginya kebutuhan penumpang TransJakarta ke obyek Wisata di Ancol